随着分子生物学理论是技术的不断发展，人们发现生物种群中存在大量的遗传变异，而用达尔文的演化理论来解释分子水平的现象几乎是不可能的。在这个大背景下，日本科学家木村资生提出了“中性突变、随机固定”的中性演化理论，即生物体中产生的很多突变是“中性”的，它们对生物的生存和繁殖没有影响，因此这些突变被固定的概率是均等的，是随机的，且与种群大小无关。日本的另一位著名科学家太田朋子进一步完善了木村资生的中性演化理论，指出一些具有轻微危害的突变也可以被随机固定下来，而且这个过程与“有效种群”大小有关。分子演化的研究对象就是生物大分子，主要是DNA、RNA和蛋白质。相对于形态演化研究，分子演化研究所得到的数据量是巨大的，每个核苷酸或氨基酸就是一个特征。分子演化也有一些特殊的术语，在本节课的讲授中将给大家仔细讲解。