[MUSIQUE] [MUSIQUE] Dans cette séquence, nous allons aborder certains aspects techniques du séquençage à haut débit, et les défis inhérents à cette nouvelle technologie. Le séquençage à haut débit permet de séquencer, puis d'analyser au cours d'un même test un grand nombre de gènes. Si l'on reprend l'analogie avec la bibliothèque, cela revient à photocopier les livres, puis à lire ceux qui nous intéressent. Comment procède-t-on? Il faut tout d'abord séquencer tout ou partie du génome. Il y a différentes manières de procéder. Certaines équipes vont choisir de séquencer un nombre de gènes défini, qu'on appelle un panel de gènes, puis vont analyser les gènes qui ont été séquencés. L'avantage de cette technique est que le coût est peu élevé. Le désavantage par contre est que si vous souhaitez analyser un gène supplémentaire qui n'était pas inclu dans le panel de gènes séquencés initialement, il faut répéter le séquençage. C'est la raison pour laquelle certaines autres équipes décident de séquencer l'exome. On appelle exome les parties codantes des 20 000 gènes que compte notre génome. Sur ce dessin, qui représente notre génome, l'exome est constitué de tous les petits carrés de couleur. L'avantage du séquençage de l'exome est que vous capturez l'ensemble des parties codantes des gènes. Vous pouvez ensuite analyser ceux qui vous intéressent en faisant un panel bio-informatique, si bien que si vous devez réanaliser des gènes ultérieurement, il est possible de le faire à partir des données de séquençage de l'exome. Il n'y a pas besoin de répéter le séquençage. Le désavantage est que cette méthode est plus chère que le séquençage d'un panel de gènes ciblé. Lorsque vous faites du séquençage à haut débit, comment interpréter les variants que vous avez identifiés? C'est la partie la plus délicate de l'opération. En effet, vous vous souvenez que chaque individu porte des variations génétiques qui ne sont pas forcément responsables d'une pathologie. Dès lors, lorsque vous avez identifié des variations par séquençage à haut débit, il vous faut déterminer si une variation parmi celles identifiées est pathogénique, et si elle est responsable de la pathologie pour laquelle votre patient a été analysé. Comment procéder? Nous avons certains outils à disposition, qui nous permettent de trier et de filtrer les variants qui ont été identifiés. Il existe des bases de données qui permettent, en fonction de certains critères, de déterminer si une variation est causative d'une pathologie ou pas. Le premier de ces outils est la fréquence. Il existe des bases de données bio-informatiques qui répertorient les séquences des personnes asymptomatiques. Si vous identifiez un variant chez un patient qui est présent à une haute fréquence chez des personnes asymptomatiques, cela signifie que ce variant n'est pas responsable d'une pathologie rare. Vous pouvez donc l'éliminer. Deuxième outil à disposition ce sont les bases de données de variants pathogéniques déjà rapportés chez des patients atteints de maladies. Les laboratoires peuvent soumettre les variations qu'ils identifient à ces bases de données, si bien que si vous identifiez un variant chez un patient qui a déjà été rapporté chez plusieurs patients souffrant de la même maladie, vous allez pouvoir conclure qu'il s'agit d'une variation pathogénique. Troisième outil, ce sont des outils bio-informatiques pour déterminer l'impact d'un variant sur le gène et sur la protéine. Il existe des outils qui permettent, en fonction du changement d'acides aminés, de déterminer si le changement va avoir un effet délétère ou pas. Ensuite, nous pouvons utiliser la ségrégation familiale pour nous aider dans l'interprétation des variants. Si vous identifiez une variation chez un patient et que vous retrouvez la même variation chez l'un de ses parents, il vous sera plus difficile de dire que cette variation est causative d'une maladie. À l'inverse, si vous retrouvez une variation chez un enfant atteint d'un trouble développemental et qu'elle est absente chez ses deux parents, ceci sera un critère supplémentaire pour déterminer qu'elle est potentiellement causative de sa maladie. Enfin, un critère important pour l'évaluation d'un variant est la concordance avec le tableau clinique du patient. Lorsque vous identifiez une variation chez un enfant avec troubles du développement, il est important d'établir si la variation trouvée peut être corrélée au tableau clinique. C'est pour ça qu'on a besoin d'avoir des évaluations phénotypiques très précises, qui s'obtiennent grâce à des collaborations pluridisciplinaires avec tous les médecins qui sont en charge du patient. C'est la combinaison de ces outils qui nous permet de classifier les variants en cinq classes de variations. Les variants de classes 1 et 2 sont qualifiés de variants bénins ou probablement bénins, c'est-à -dire qu'ils ne sont pas en cause dans le tableau clinique du patient. Les variants de classes 4 et 5 sont des variants probablement pathogéniques ou pathogéniques, c'est-à -dire qu'on peut vraisemblablement établir un lien entre la variation et les symptômes du patient. Il existe des variants de classe 3, qu'on appelle variants de signification clinique incertaine, en anglais Variant of Unknown Clinical Significance, VUS, qui sont des variants qui ne peuvent pas être impliqués dans la pathologie du patient mais qui ne peuvent pas être complètement écartés non plus. Il s'agit donc de variations dont l'impact est inconnu et qu'il convient de suivre au cours du temps, étant donné qu'un variant de signification clinique incertaine peut s'avérer bénin ou pathogénique en fonction des nouvelles connaissances concernant ces variations. Les défis principaux de l'utilisation du séquençage à haut débit sont donc l'interprétation des variants et le conseil génétique. Pour l'interprétation des variants, il est important d'avoir des équipes de généticiens spécialisés dans le domaine. C'est la raison pour laquelle il y a la collaboration de généticiens cliniciens, de biologistes moléculaires, de cytogénéticiens et de bio-informaticiens. Il est également important d'avoir des collaborations pluridisciplinaires avec les médecins en charge du patient afin d'obtenir un phénotypage le plus précis possible. Concernant le conseil génétique, il est très important, lorsqu'on a recours à ces nouvelles technologies, d'effectuer une consultation génétique avant le test afin de discuter avec les patients des implications de ces analyses, de ces limites et des conséquences pour le patient et sa famille. En conclusion, le séquençage à haut débit permet l'analyse simultanée d'un large nombre de gènes, ce qui diminue les temps d'analyse et augmente le rendement diagnostique. L'interprétation des variants constitue un défi et nécessite des compétences spécialisées en génétique. Il est important d'avoir un phénotypage précis des patients, qui s'obtient grâce à des collaborations pluridisciplinaires. [MUSIQUE] [MUSIQUE]
