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Il y a 4 modules dans ce cours
Dans ce cours, nous comparerons les séquences génomiques des mutations de COVID-19 afin d'identifier les zones potentielles qu'un traitement médicamenteux pourrait chercher à cibler. La première étape de la découverte d'un médicament consiste à identifier les sous-séquences du génome à cibler. Nous commencerons par comparer les génomes des mutations virales pour rechercher des similitudes. Ensuite, nous effectuerons une ACP pour réduire le nombre de dimensions et identifier les caractéristiques les plus communes. Ensuite, nous utiliserons le regroupement K-means en Python pour trouver le nombre optimal de groupes et retracer la lignée du virus. Enfin, nous prédirons la similarité entre les séquences et l'utiliserons pour choisir une sous-séquence cible. Tout au long du cours, chaque section consistera en un devoir de programmation accompagné d'une vidéo d'orientation et de conseils utiles. À la fin du cours, vous serez sur la bonne voie pour découvrir des moyens de lutter contre les maladies grâce au séquençage du génome.
Dans ce module, nous commencerons à nous familiariser avec notre ensemble de données en effectuant quelques EDA de base et en comparant les séquences génomiques. En analysant les mutations du virus COVID-19, nous serons en mesure d'identifier certaines propriétés communes du génome que notre médicament devrait chercher à cibler.
Inclus
4 vidéos1 devoir de programmation1 sujet de discussion1 laboratoire non noté
Afficher les informations sur le contenu du module
4 vidéos•Total 7 minutes
Bienvenue dans le cours !•1 minute
Mise en place de l'environnement•2 minutes
Introduction au module•1 minute
Introduction à la première partie•3 minutes
1 devoir de programmation•Total 150 minutes
Partie I : Comparaison des séquences génomiques•150 minutes
1 sujet de discussion•Total 10 minutes
Bienvenue dans le cours !•10 minutes
1 laboratoire non noté•Total 10 minutes
Solutions pour les devoirs de programmation : Partie I : Comparaison des séquences génomiques•10 minutes
Analyse en composantes principales des séquences génomiques
Module 2•3 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous continuerons à travailler avec les données de notre séquence génomique - en utilisant l'ACP pour identifier les groupes et les caractéristiques les plus importantes. Après avoir réduit le nombre de dimensions de l'ensemble de données, nous pourrons utiliser K-means pour former des groupes et visualiser les différentes zones dans l'espace 2D.
Inclus
2 vidéos1 lecture1 devoir de programmation1 laboratoire non noté
Afficher les informations sur le contenu du module
2 vidéos•Total 3 minutes
Introduction au module•1 minute
Introduction à la partie II•2 minutes
1 lecture•Total 10 minutes
Autres fonctions de l'APC•10 minutes
1 devoir de programmation•Total 150 minutes
Partie II : ACP•150 minutes
1 laboratoire non noté•Total 10 minutes
Solutions de programmation : Partie II : ACP•10 minutes
Analyse des caractéristiques à l'aide du regroupement K-Means
Module 3•3 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous regrouperons les séquences génomiques à l'aide de l'algorithme K-means. Nous optimiserons le nombre de clusters en comparant les scores de silhouette pour une grande variété d'entrées afin d'identifier la chute la plus importante. Enfin, nous nous préparerons à utiliser des pipelines de prédiction pour prédire les scores de bits et les thérapies médicamenteuses dans le dernier module.
Inclus
2 vidéos1 devoir de programmation1 sujet de discussion1 laboratoire non noté
Afficher les informations sur le contenu du module
2 vidéos•Total 2 minutes
Introduction au module•1 minute
Introduction à la partie III•2 minutes
1 devoir de programmation•Total 180 minutes
Partie III : Le regroupement K-Means•180 minutes
1 sujet de discussion•Total 10 minutes
Clustering•10 minutes
1 laboratoire non noté•Total 10 minutes
Solutions aux problèmes de programmation : Partie III : K-Means Clustering•10 minutes
Prédiction du score de bits pour trouver des correspondances de séquences
Module 4•3 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous testerons une variété de régresseurs pour voir lequel est le plus performant dans la prédiction des scores de bits pour chaque séquence génomique. Ensuite, nous utiliserons le modèle choisi pour trouver les équidés du génome qui sont les plus étroitement apparentés et tracer une sous-séquence possible à cibler à l'aide d'un médicament combatif.
Inclus
2 vidéos1 devoir de programmation1 laboratoire non noté
Afficher les informations sur le contenu du module
2 vidéos•Total 3 minutes
Introduction au module•1 minute
Introduction à la quatrième partie•2 minutes
1 devoir de programmation•Total 180 minutes
Partie IV : Prédicteurs de réseaux neuronaux•180 minutes
1 laboratoire non noté•Total 10 minutes
Solutions de programmation : Partie IV : Prédicteurs de réseaux neuronaux•10 minutes
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