Construire des modèles mathématiques valides illustrant l'histoire naturelle d'une maladie infectieuse donnée
Interpréter les modèles compartimentaux en termes de taux, de proportions et de délais
Décrire les processus fondamentaux qui régissent la dynamique d'une épidémie de SIR et montrer leur relation avec des concepts importants
Expliquer les mécanismes par lesquels la susceptibilité peut changer avec le temps et développer un modèle SIR simple pour en tenir compte en fonction de paramètres donnés
Compétences que vous acquerrez
Catégorie : Modélisation mathématique
Modélisation mathématique
Catégorie : Épidémiologie
Épidémiologie
Catégorie : Equations différentielles
Equations différentielles
Catégorie : Santé publique
Santé publique
Catégorie : Santé publique et prévention des maladies
Santé publique et prévention des maladies
Catégorie : Maladies infectieuses
Maladies infectieuses
Catégorie : Contrôle des infections
Contrôle des infections
Outils que vous découvrirez
Catégorie : R Programmation
R Programmation
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Il y a 4 modules dans ce cours
La modélisation compartimentale est une pierre angulaire de la modélisation mathématique des maladies infectieuses et ce cours présentera certains des concepts de base de la construction de modèles compartimentaux, y compris la manière d'interpréter et de représenter les taux, les durées et les proportions. Vous apprendrez à mettre les mathématiques de côté et à vous concentrer sur l'intuition du comportement d'une épidémie simple, et vous serez initié à d'autres concepts de base de l'épidémiologie des maladies infectieuses, tels que le nombre de reproduction de base (R0) et ses implications pour la dynamique des maladies infectieuses. Pour exprimer les fondements mathématiques des facteurs de base que vous étudiez, vous utiliserez le modèle simple SIR qui, à son tour, vous aidera à examiner différents scénarios pour les nombres de reproduction. La susceptibilité à l'infection est le carburant d'une maladie infectieuse, de sorte que la compréhension de la dynamique de la susceptibilité peut fournir des indications importantes sur la dynamique des épidémies, ainsi que sur les priorités en matière de contrôle.
La modélisation compartimentale est la pierre angulaire de la modélisation mathématique des maladies infectieuses. Vous serez initié à certains des concepts de base de la construction de modèles compartimentaux, y compris la manière d'interpréter et de représenter les taux, les durées et les proportions dans de tels modèles. Ce travail jette les bases de la modélisation de la dynamique de la transmission des maladies infectieuses.
Inclus
8 vidéos4 lectures1 sujet de discussion11 laboratoires non notés
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8 vidéos•Total 27 minutes
Bienvenue au cours•2 minutes
Un point de vue d'initié sur l'IDM•5 minutes
Cohortes infectées et flux simples•5 minutes
Calcul des risques concurrents dans les modèles à compartiments•4 minutes
La force de l'infection•2 minutes
Introduction au modèle SIR•3 minutes
Modélisation de la force de l'infection•3 minutes
Réflexions sur le modèle SIR•4 minutes
4 lectures•Total 65 minutes
Bienvenue sur le site de la modélisation des maladies infectieuses•10 minutes
À propos de l'équipe de modélisation des maladies infectieuses•10 minutes
Glossaire•10 minutes
Modélisation de la dynamique des maladies infectieuses•35 minutes
1 sujet de discussion•Total 10 minutes
Discutez de votre intérêt ou de votre expérience en matière de modélisation•10 minutes
11 laboratoires non notés•Total 380 minutes
Compléter les activités dans les blocs-notes Jupyter•60 minutes
Guide de référence R pour l'IDM•60 minutes
Résolution d'équations différentielles à l'aide de ode() dans R•60 minutes
Etivité : Modélisation d'une cohorte infectée•40 minutes
Solutions - Modélisation d'une cohorte infectée•10 minutes
Etivity : Simuler des risques concurrents•40 minutes
Solutions - Simuler des risques concurrents•10 minutes
Etivité : Modèle SIR avec une force d'infection constante•40 minutes
Solutions - Modèle SIR avec une force d'infection constante•10 minutes
Etivity : Modèle SIR avec une force dynamique d'infection•40 minutes
Solutions - Modèle SIR avec une force dynamique d'infection•10 minutes
Anatomie d'une épidémie
Module 2•3 heures à terminer
Détails du module
Vous mettrez les mathématiques de côté et vous vous concentrerez sur l'acquisition d'une intuition sur le comportement d'une épidémie simple d'une infection parfaitement immunisante dans une population stable. Vous étudierez également d'autres concepts de base de l'épidémiologie des maladies infectieuses, notamment le nombre de reproduction de base (R0) et ses implications pour la dynamique des maladies infectieuses.
Inclus
4 vidéos1 lecture3 sujets de discussion1 plugin
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4 vidéos•Total 17 minutes
Introduction à la semaine•2 minutes
Facteurs fondamentaux de la croissance épidémique•5 minutes
Pourquoi une épidémie atteint-elle un pic ?•4 minutes
Écarts par rapport au modèle SIR•5 minutes
1 lecture•Total 45 minutes
Peut-on contrôler la transmission ?•45 minutes
3 sujets de discussion•Total 60 minutes
Quels sont les moteurs d'une épidémie ?•20 minutes
Quels sont les facteurs de déclin d'une épidémie ?•20 minutes
Questions jusqu'à présent•20 minutes
1 plugin•Total 40 minutes
Etivité : Quel est le moteur d'une épidémie ?•40 minutes
Combiner la modélisation et les connaissances
Module 3•4 heures à terminer
Détails du module
Vous allez maintenant consolider les connaissances que vous avez acquises au cours des deux derniers modules pour exprimer les fondements mathématiques des facteurs de base qui ont été examinés. Vous utiliserez le modèle SIR simple que vous avez déjà développé dans le module 1 pour examiner différents scénarios pour les nombres de reproduction.
Inclus
3 vidéos1 lecture4 laboratoires non notés
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3 vidéos•Total 11 minutes
Introduction à la semaine•2 minutes
Explication de R0 en termes de modèle•6 minutes
Prévalence et incidence•4 minutes
1 lecture•Total 40 minutes
Formes plus complexes de R0•40 minutes
4 laboratoires non notés•Total 160 minutes
Etivité : Dynamique du SIR avec des paramètres variables•60 minutes
Solutions - Dynamique du SIR avec des paramètres variables•20 minutes
Etivity : Simulation du nombre effectif de reproduction Reff•60 minutes
Solutions - Simulation du nombre effectif de reproduction Reff•20 minutes
Dynamique des Susceptibles
Module 4•7 heures à terminer
Détails du module
La susceptibilité à l'infection est le carburant d'une maladie infectieuse ; la compréhension de la dynamique de la susceptibilité peut fournir des indications importantes sur la dynamique des épidémies, ainsi que sur les priorités en matière de contrôle. Dans ce module, en vous basant sur le modèle SIR de base que vous avez codé jusqu'à présent, vous aborderez trois mécanismes importants par lesquels la susceptibilité peut changer au cours d'une épidémie : (i) le renouvellement de la population, (ii) la vaccination, (iii) l'affaiblissement de l'immunité au fil du temps.
Par souci de simplicité, vous apprendrez des approches très simples pour modéliser la vaccination. Dans les cours suivants de la spécialisation Modélisation des maladies infectieuses, vous aurez l'occasion d'aborder des approches plus détaillées pour saisir cette intervention importante.
Inclus
4 vidéos1 devoir1 sujet de discussion8 laboratoires non notés1 plugin
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4 vidéos•Total 10 minutes
Modélisation du renouvellement de la population•4 minutes
Un modèle simple pour la vaccination•3 minutes
Modélisation de la baisse de l'immunité•3 minutes
Résumé : Modificateurs de la susceptibilité de la population•2 minutes
1 devoir•Total 60 minutes
Quiz du cours•60 minutes
1 sujet de discussion•Total 10 minutes
Vos questions•10 minutes
8 laboratoires non notés•Total 320 minutes
Modélisation du renouvellement de la population•60 minutes
Solutions - Modéliser le renouvellement de la population•20 minutes
Un modèle simple pour la vaccination•60 minutes
Solutions - Un modèle simple de vaccination•20 minutes
Modélisation de la baisse de l'immunité•60 minutes
Solutions - Modélisation de la baisse de l'immunité•20 minutes
Combiner les mécanismes•60 minutes
Solutions - Vaccination néonatale pour réduire la prévalence d'une maladie endémique dans le bétail•20 minutes
1 plugin•Total 30 minutes
Nombre de reproductions effectives : récapitulation•30 minutes
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Avis des étudiants
4.9
274 avis
5 stars
90,14 %
4 stars
7,66 %
3 stars
0,72 %
2 stars
0 %
1 star
1,45 %
Affichage de 3 sur 274
B
BC
4·
Révisé le 24 oct. 2021
The coding exercises were very worthwhile. I felt the videos were too short, and the readings should have been textbook chapters that focused on fundamentals.
M
MS
5·
Révisé le 16 août 2020
This is an excellent course. It covers a lot of material, but is very well organized. Gives a great introduction to infectious disease modeling that is intuitive and easy to follow.
L
LL
5·
Révisé le 22 mai 2020
Excellent primer for SIR models. I had no background in this field but enjoyed the course. A good working knowledge of R will be helpfpul.
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