Dieser Kurs behandelt das Thema Whole Genome Sequencing (WGS) von bakteriellen Genomen, das für den medizinischen Sektor immer mehr an Bedeutung gewinnt. WGS-Technologie und -Anwendungen stehen ganz oben auf der internationalen politischen Agenda, da die klassischen Methoden durch die WGS-Technologie ersetzt werden. Daher sind bioinformatische Tools äußerst wichtig, damit die in diesem Bereich tätigen Personen die Daten analysieren und Ergebnisse erhalten können, die sich interpretieren und für verschiedene Zwecke nutzen lassen. Der Kurs vermittelt den Teilnehmern eine Grundlage, um WGS-Anwendungen bei der Überwachung von Bakterien zu verstehen und kennenzulernen, einschließlich der Identifizierung von Arten, der Typisierung und Charakterisierung von antimikrobiellen Resistenzen und Virulenzmerkmalen sowie der Charakterisierung von Plasmiden. Der Kurs gibt den Teilnehmern auch die Möglichkeit, Online-Tools kennenzulernen und zu erfahren, wofür sie verwendet werden können, indem die Verwendung einiger dieser Tools demonstriert wird und die Teilnehmer Übungen mit frei verfügbaren WGS-Analysetools lösen. Am Ende dieses Kurses sollten Sie in der Lage sein: 1. Beschreiben Sie die allgemeinen Prinzipien der Typisierung von Bakterien 2. Nennen Sie Beispiele für die Anwendung von Whole Genome Sequencing zur Überwachung von bakteriellen Krankheitserregern und antimikrobieller Resistenz 3. Wenden Sie genomische Werkzeuge für die Subtypisierung und Überwachung an 4. Definieren Sie das Konzept des Next-Generation Sequencing und beschreiben Sie die Sequenzierdaten von NGS 5. Beschreiben Sie, wie man de novo Assemblierungen von Rohdaten zu Contigs vornimmt 6. Nennen Sie die Methoden, die hinter den Tools zur Artenidentifizierung, MLST-Typisierung und zum Nachweis von Resistenzgenen stehen 7. Wenden Sie die Tools zur Speziesidentifikation, MLST-Typisierung und zum Nachweis von Resistenzgenen in realen Fällen anderer bakterieller und pathogener Genome an. 8. Beschreiben Sie die Methoden, die hinter den Tools für die Salmonellen- und E.coli-Typisierung, den Nachweis von Plasmid-Replikons und die Plasmid-Typisierung stehen. 9. Wenden Sie die Tools für die Salmonellen- und E.coli-Typisierung, den Nachweis von Plasmidreplikon und die Plasmidtypisierung in realen Fällen anderer bakterieller und pathogener Genome an. 10. Erklären Sie das Konzept und können Sie die integrierte bakterielle Analysepipeline für die Batch-Analyse und Typisierung von genomischen Daten verwenden. 11. Demonstrieren Sie, wie Sie einen phylogenetischen Baum auf der Grundlage von SNPs erstellen können 12. Wenden Sie das phylogenetische Tool an, um phylogenetische Bäume zu konstruieren und die Verwandtschaft von Bakterien- oder Pathogenstämmen zu erklären 13. Beschreiben Sie, wie Sie Ihre eigene Sequenzdatenbank erstellen können 14. Nutzen Sie das Tool MyDbFinder, um genetische Marker von Interesse aus der Sequenzierung ganzer Genome zu erkennen