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Il y a 5 modules dans ce cours
Nommé l'un des 50 meilleurs MOOC de tous les temps par Class Central ! Ce cours commence une série de cours illustrant la puissance de l'informatique dans la biologie moderne. Rejoignez-nous à la frontière de la bio-informatique pour chercher des messages cachés dans l'ADN sans jamais avoir besoin d'enfiler une blouse de laboratoire. Dans la première moitié du cours, nous étudions la réplication de l'ADN et posons la question suivante : où commence la réplication de l'ADN dans le génome ? Nous verrons que nous pouvons répondre à cette question pour de nombreuses bactéries en utilisant seulement quelques algorithmes simples pour rechercher des messages cachés dans le génome. Dans la seconde moitié du cours, nous examinerons une question biologique différente, en nous demandant quels motifs d'ADN jouent le rôle d'horloges moléculaires. Les cellules de votre corps parviennent à maintenir un rythme circadien, mais comment y parvient-on au niveau de l'ADN ? Une fois de plus, nous verrons qu'en sachant quels messages cachés rechercher, nous pouvons commencer à comprendre le langage étonnamment complexe de l'ADN. Enfin, vous mettrez la main à la pâte et appliquerez des outils logiciels existants pour trouver des motifs biologiques récurrents dans les gènes qui permettent à Mycobacterium tuberculosis de rester "dormant" dans un hôte pendant de nombreuses années avant de provoquer une infection active.
</p><p>Bienvenue en classe!</p><p>Ce cours se concentrera sur deux questions à la pointe de la biologie informatique moderne, ainsi que sur les approches algorithmiques que nous utiliserons pour les résoudre entre parenthèses:</p><ol><li>Les semaines 1-2 : Où commence la réplication de l'ADN dans le génome ? (<em>Échauffement algorithmique</em>)</li><li>Les semaines 3 et 4 : Quels motifs d'ADN jouent le rôle d'horloges moléculaires ? (<em>Algorithmes aléatoires</em>)</li></ol><p>La semaine 5 consistera en un défi d'application bioinformatique dans lequel vous aurez l'occasion d'appliquer un logiciel de recherche de motifs d'ADN à un ensemble de données biologiques réelles.</p><p>Chacun des deux chapitres du cours est accompagné d'un dessin humoristique sur la bioinformatique créé par Randall Christopher et servant de tête de chapitre dans le best-seller de la Specializations, <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">compagnon d'impression</a>. Vous trouverez la bande dessinée du premier chapitre au bas de ce message. Quel est le rapport entre un message crypté menant à un trésor enfoui et la biologie ? Nous espérons que vous le découvrirez avec nous!</p><p><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/replication_cropped.jpg" title="Image : http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/chapter1_cropped.jpg" width="500"></p><p><a href="http://compeau.cbd.cmu.edu" target="_blank"><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/Compeau_caricature.jpg" width ="150"></a> <a href="http://cseweb.ucsd.edu/~ppevzner/" target="_blank"><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/Pevzner_caricature.jpg" width ="150"></a><p>Phillip et Pavel</p><p>Phillip et Pavel</p><p>
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3 vidéos•Total 21 minutes
(Découvrez la vidéo d'introduction de notre cours farfelu)•3 minutes
Où commence la réplication de l'ADN dans le génome (1ère partie) (11:37)•12 minutes
Où commence la réplication de l'ADN dans le génome (partie 2) (06:24)•6 minutes
3 lectures•Total 11 minutes
Détails du cours•10 minutes
FAQ de la semaine 1 (facultatif)•0 minutes
Qu'est-ce que le pseudocode ? (facultatif)•1 minute
1 devoir•Total 15 minutes
Quiz de la semaine 1•15 minutes
2 éléments d'application•Total 150 minutes
Texte interactif pour la semaine 1•150 minutes
Ouvrez afin de synchroniser vos progrès : Texte interactif Stepik pour la semaine 1•0 minutes
Semaine 2 : Trouver les origines de la réplication
Module 2•3 heures à terminer
Détails du module
</p> <p>Bienvenue à la deuxième semaine de cours!</p> <p>Cette semaine, nous examinerons les détails biologiques de la réplication de l'ADN dans la cellule. Nous verrons ensuite comment utiliser ces détails pour nous aider à concevoir une approche algorithmique intelligente à la recherche de l'origine de la réplication dans un génome bactérien.</p> <p>La semaine prochaine, nous examinerons les détails biologiques de la réplication de l'ADN dans la cellule
Inclus
2 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
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2 vidéos•Total 13 minutes
Où commence la réplication de l'ADN dans le génome (partie 3) (09:05)•9 minutes
Où commence la réplication de l'ADN dans le génome (partie 4) (04:10)•4 minutes
1 lecture
FAQ de la semaine 2 (facultatif)•0 minutes
1 devoir•Total 15 minutes
Quiz de la semaine 2•15 minutes
2 éléments d'application•Total 150 minutes
Texte interactif pour la semaine 2•150 minutes
Ouvrez afin de synchroniser vos progrès : Texte interactif Stepik pour la semaine 2•0 minutes
Semaine 3 : À la recherche de motifs réglementaires
Module 3•4 heures à terminer
Détails du module
</p> <p>Bienvenue à la troisième semaine de cours ! </p> <p>Cette semaine, nous entamons un nouveau chapitre intitulé "Quels motifs d'ADN jouent le rôle d'horloges moléculaires ?" Au bas de ce message, vous trouverez la bande dessinée bioinformatique de cette semaine. Quel est le point commun entre une virée nocturne au casino avec deux mathématiciens français du XVIIIe siècle et la recherche d'horloges moléculaires ? Commencez à apprendre pour le découvrir...</p> <p><img src="https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter3_final.jpg" title="Image : https://d396qusza40orc.cloudfront.net/bioinformatics%2Fimages%2Fchapter3_final.jpg" width="528"></p> <p>La bande dessinée bioinformatique de cette semaine est une bande dessinée bioinformatique
Inclus
3 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
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3 vidéos•Total 23 minutes
Des motifs implantés aux motifs réglementaires (partie 1) (10:09)•10 minutes
Des motifs implantés aux motifs régulateurs (partie 2) (05:06)•5 minutes
Des motifs implantés aux motifs réglementaires (partie 3) (07:22)•7 minutes
1 lecture
FAQ de la semaine 3 (facultatif)•0 minutes
1 devoir•Total 15 minutes
Quiz de la semaine 3•15 minutes
2 éléments d'application•Total 180 minutes
Texte interactif pour la semaine 3•180 minutes
Ouvrez afin de synchroniser vos progrès : Texte interactif Stepik pour la semaine 3•0 minutes
Semaine 4 : Comment le lancer de dés nous aide à trouver des motifs de réglementation
Module 4•3 heures à terminer
Détails du module
</p> <p>Bienvenue à la semaine 4 du cours ! </p> <p>La semaine dernière, nous avons abordé quelques algorithmes d'introduction à la recherche de motifs. Cette semaine, nous allons voir comment améliorer ces approches de recherche de motifs en concevant des algorithmes aléatoires qui peuvent "jeter les dés" pour trouver des motifs.</p> <p>La semaine dernière, nous avons rencontré quelques algorithmes d'introduction à la recherche de motifs
Inclus
3 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
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3 vidéos•Total 26 minutes
Comment le lancer de dés nous aide à trouver des motifs réglementaires (Partie 1) (12:43)•13 minutes
Comment le lancer de dés nous aide à trouver des motifs de réglementation (partie 2) (05:37)•6 minutes
Comment le lancer de dés nous aide à trouver des motifs de réglementation (partie 3) (07:46)•8 minutes
1 lecture
FAQ de la semaine 4 (facultatif)•0 minutes
1 devoir•Total 15 minutes
Quiz de la semaine 4•15 minutes
2 éléments d'application•Total 120 minutes
Texte interactif pour la semaine 4•120 minutes
Ouvrez afin de synchroniser vos progrès : Texte interactif pour la semaine 4•0 minutes
Semaine 5 : Défi d'application en bioinformatique
Module 5•3 heures à terminer
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Cette semaine, nous utiliserons des logiciels de recherche de motifs populaires afin de rechercher des motifs dans un ensemble de données biologiques réel.
Inclus
1 évaluation par les pairs
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1 évaluation par les pairs•Total 180 minutes
Défi de l'application bioinformatique•180 minutes
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Évaluations de l’enseignant
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L'université de San Diego est un centre universitaire et un moteur économique, reconnu comme l'une des 10 meilleures universités publiques par U.S. News and World Report. L'innovation est au cœur de ce que nous sommes et de ce que nous faisons. Ici, les étudiants apprennent que le savoir ne s'acquiert pas seulement en classe - la vie est leur laboratoire.
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Felipe M.
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Chaitanya A.
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Avis des étudiants
4.3
1 064 avis
5 stars
64,22 %
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3 stars
4,13 %
2 stars
3,19 %
1 star
7,60 %
Affichage de 3 sur 1064
S
SP
5·
Révisé le 28 déc. 2023
This is a very good course for people who have a prior knowledge in biology and as well as know python programming and who are really interested in bioinformatics.
Q
QL
5·
Révisé le 26 juil. 2017
The algorithms mentioned in this course are explained very well. But still a little bit of programming language is needed. Look forward to the advanced courses.
J
JN
5·
Révisé le 22 sept. 2020
Please be clear while explaining the course. it not clear what are they trying to explain and it takes a lot time for us to figure it out.
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