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Il y a 6 modules dans ce cours
Dans le cours précédent de la Specializations, nous avons appris à comparer les gènes, les protéines et les génomes. L'une des façons d'utiliser ces méthodes est de construire un "arbre de vie" montrant comment une large collection d'organismes apparentés a évolué au fil du temps. Dans la première moitié du cours, nous discuterons des approches de construction d'arbres évolutifs qui ont fait l'objet de certains des articles scientifiques les plus cités de tous les temps, et nous montrerons comment elles peuvent résoudre des questions allant de la recherche de l'origine d'un virus mortel à la localisation du lieu de naissance de l'homme moderne. Dans la seconde moitié du cours, nous changerons de vitesse et nous examinerons la vieille affirmation selon laquelle les oiseaux ont évolué à partir des dinosaures. Comment pouvons-nous le prouver ? Nous examinerons en particulier un résultat selon lequel les peptides prélevés sur un fossile de T. rex correspondent étroitement aux peptides trouvés chez les poulets. Enfin, vous apprendrez à appliquer des outils logiciels de bioinformatique populaires pour reconstruire un arbre évolutif des ébolavirus et identifier la source de la récente épidémie d'Ebola qui a fait la une des journaux du monde entier.
</p><p>Bienvenue dans notre classe!</p><p>Dans cette classe, nous examinerons les deux questions biologiques centrales suivantes (les approches informatiques nécessaires pour les résoudre sont indiquées entre parenthèses):</p><ol><li>Semaines 1-3 : Quel animal nous a donné le SRAS ? (<i>Construction d'arbres évolutifs</i>)</li><li>Semaines 4-5 : Est-ce que <em>T. rex</em> n'était qu'une grosse poule mouillée ?  ;(<em>Algorithmes combinatoires</em>)</li></ol><p>La semaine 6, vous relèverez un défi d'application en bioinformatique en appliquant des algorithmes de construction d'arbres évolutifs afin de déterminer l'origine de la récente épidémie d'ébola en Afrique.</p><p>Comme dans les cours précédents, chacun de ces deux chapitres est accompagné d'une bande dessinée sur la bioinformatique créée par le talentueux artiste Randall Christopher et servant d'en-tête de chapitre dans le best-seller de la Specializations <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">compagnon d'impression</a>. Vous trouverez la bande dessinée du premier chapitre au bas de ce message. Quel est le rapport entre les punaises et les chauves-souris, d'une part, et les virus mortels, d'autre part ? Et comment la bio-informatique peut-elle être utilisée pour stopper ces virus dans leur élan ? Commencez à apprendre dès aujourd'hui et découvrez-le!</p><p><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/evolution_cropped.jpg" title="Image : http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/evolution_cropped.jpg" width="528"></p>
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5 vidéos•Total 34 minutes
(Découvrez la vidéo d'introduction de notre cours farfelu !)•4 minutes
L'épidémie la plus rapide•5 minutes
Transformation des matrices de distance en arbres évolutifs•6 minutes
Vers un algorithme pour la construction d'une phylogénie basée sur la distance•9 minutes
Phylogénie additive•10 minutes
2 lectures•Total 10 minutes
Détails du cours•10 minutes
FAQ de la semaine 1 (facultatif)•0 minutes
1 devoir•Total 15 minutes
Quiz de la semaine 1•15 minutes
2 éléments d'application•Total 150 minutes
Ouvrez afin de synchroniser vos progrès : Texte interactif pour la semaine 1•0 minutes
Texte interactif pour la semaine 1•150 minutes
Semaine 2 : Plus d'algorithmes pour construire des arbres à partir de matrices de distance
Module 2•3 heures à terminer
Détails du module
</p> <p>Bienvenue à la deuxième semaine de cours ! </p> <p>La semaine dernière, nous avons commencé à voir comment les arbres évolutifs peuvent être construits à partir de matrices de distance. Cette semaine, nous allons rencontrer d'autres algorithmes à cette fin, y compris l'algorithme de jointure entre voisins, qui est devenu l'un des dix articles les plus cités dans toute la science depuis son introduction il y a trois décennies.</p> <p>La semaine dernière, nous avons commencé à voir comment les arbres évolutifs peuvent être construits à partir de matrices de distance
Inclus
3 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
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3 vidéos•Total 17 minutes
Utilisation des moindres carrés pour construire des phylogénies basées sur la distance•3 minutes
Arbres ultramétriques•7 minutes
L'algorithme de jonction entre voisins•8 minutes
1 lecture
FAQ de la semaine 2 (facultatif)•0 minutes
1 devoir•Total 15 minutes
Quiz de la semaine 2•15 minutes
2 éléments d'application•Total 150 minutes
Ouvrez afin de synchroniser vos progrès : Texte interactif pour la semaine 2•0 minutes
Texte interactif pour la semaine 2•150 minutes
Semaine 3 : Construire des arbres évolutifs à partir de caractères
Module 3•4 heures à terminer
Détails du module
</p> <p>Bienvenue à la troisième semaine de cours ! </p> <p>Au cours des deux dernières semaines, nous avons vu plusieurs algorithmes différents pour construire des arbres évolutifs à partir de matrices de distance.</p> <p>Cette semaine, nous conclurons le chapitre actuel en examinant ce qui se passe si nous utilisons des propriétés appelées "caractères" à la place des distances. Nous verrons également comment déduire les états ancestraux des organismes dans un arbre évolutif, et nous nous demanderons s'il est possible de définir un algorithme efficace pour cette tâche.</p> <p>La semaine prochaine, nous conclurons ce chapitre en examinant ce qui se passe si nous utilisons des propriétés appelées "caractères" au lieu des distances
Inclus
4 vidéos1 lecture1 devoir2 éléments d'application
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4 vidéos•Total 20 minutes
Reconstruction d'arbres basée sur les caractères•3 minutes
L'algorithme Small Parsimony•9 minutes
L'algorithme Large Parsimony•3 minutes
Reconstruction de l'arbre évolutif à l'ère moderne•6 minutes
1 lecture
FAQ de la semaine 3 (facultatif)•0 minutes
1 devoir•Total 15 minutes
Quiz de la semaine 3•15 minutes
2 éléments d'application•Total 210 minutes
Ouvrez afin de synchroniser vos progrès : Texte interactif pour la semaine 3•0 minutes
Texte interactif pour la semaine 3•210 minutes
Semaine 4
Module 4•2 heures à terminer
Détails du module
</p> <p>Bienvenue à la quatrième semaine de cours ! </p> <p>Les oiseaux ont-ils évolué à partir des dinosaures ? Au cours des deux prochaines semaines, nous verrons comment nous pourrions analyser les preuves moléculaires à l'appui de cette théorie. Vous trouverez la bande dessinée de Randall Christopher sur la bioinformatique de cette semaine au bas de cet e-mail. Pourquoi le <em>T. rex </em> ressemble-t-il tant à un poulet ? Et pourquoi le singe tape-t-il frénétiquement ? Continuez à apprendre pour le découvrir!</p> <p><img src="http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/proteomics_cropped.jpg" title="Image : http://bioinformaticsalgorithms.com/images/cover/proteomics_cropped.jpg" width="528"></p> <p>Les dessins humoristiques de Randolph Christopher sont des illustrations de l'évolution de la science et de la technologie
Inclus
4 vidéos1 devoir2 éléments d'application
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4 vidéos•Total 26 minutes
La paléontologie rencontre l'informatique•8 minutes
Décodage d'un spectre idéal•5 minutes
Des spectres idéaux aux spectres réels•5 minutes
Séquençage des peptides•8 minutes
1 devoir•Total 15 minutes
Quiz de la semaine 4•15 minutes
2 éléments d'application•Total 60 minutes
Défis du code pour la semaine 4•0 minutes
Texte interactif pour la semaine 4•60 minutes
Semaine 5 : Résoudre le mystère des peptides du T. rex ?
Module 5•2 heures à terminer
Détails du module
</p> <p>Bienvenue à la cinquième semaine de cours ! </p> <p>La semaine dernière, nous nous sommes demandé s'il était possible que des peptides de dinosaures survivent enfermés dans un fossile pendant 65 millions d'années. Cette semaine, nous allons voir ce que cette question a à voir avec les statistiques ; ce faisant, nous verrons comment un singe tapant des symboles sur une machine à écrire peut être utilisé pour y répondre.</p> <p>La semaine dernière, nous nous sommes demandé s'il était possible que des peptides de dinosaures survivent enfermés dans un fossile pendant 65 millions d'années
Inclus
5 vidéos1 devoir2 éléments d'application
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5 vidéos•Total 44 minutes
Identification des peptides•5 minutes
Dictionnaires spectraux•7 minutes
L'énigme de l'hémoglobine d'autruche•15 minutes
Recherche de modifications post-traductionnelles•5 minutes
Algorithme d'alignement spectral•11 minutes
1 devoir•Total 15 minutes
Quiz de la semaine 5•15 minutes
2 éléments d'application•Total 60 minutes
Ouvrez afin de synchroniser vos progrès : Texte interactif pour la semaine 5•0 minutes
Texte interactif pour la semaine 5•60 minutes
Semaine 6 : Défi d'application en bioinformatique
Module 6•4 heures à terminer
Détails du module
</p> <p>Bienvenue à la sixième et dernière semaine du cours ! </p> <p>Dans le défi d'application de la bioinformatique de cette semaine, nous allons reconstruire un arbre évolutif des ébolavirus et l'utiliser pour déterminer l'origine de l'agent pathogène qui a causé la récente épidémie en Afrique.</p> <p>
Inclus
1 évaluation par les pairs
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1 évaluation par les pairs•Total 240 minutes
Défi de l'application bioinformatique•240 minutes
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Avis des étudiants
4.5
79 avis
5 stars
69,62 %
4 stars
17,72 %
3 stars
8,86 %
2 stars
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1 star
3,79 %
Affichage de 3 sur 79
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4·
Révisé le 4 déc. 2016
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Révisé le 30 mars 2021
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Révisé le 20 juil. 2019
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