Ce cours couvrira le sujet du séquençage du génome entier (WGS) des génomes bactériens qui devient de plus en plus pertinent pour le secteur médical. Les outils bioinformatiques sont donc extrêmement importants pour permettre aux personnes travaillant dans ce secteur d'être en mesure d'analyser les données et d'obtenir des résultats qui peuvent être interprétés et utilisés à différentes fins. Le cours donnera aux apprenants une base pour comprendre et se familiariser avec les applications WGS dans la surveillance des bactéries, y compris l'identification des espèces, le typage et la caractérisation de la résistance aux antimicrobiens et des traits de virulence, ainsi que la caractérisation des plasmides. Il donnera également l'occasion aux apprenants de se familiariser avec les outils en ligne et ce à quoi ils peuvent servir grâce à des démonstrations sur la façon d'utiliser certains de ces outils et des exercices à résoudre par les apprenants avec l'utilisation d'outils d'analyse WGS disponibles gratuitement. À la fin de ce cours, vous devriez être en mesure de : 1. Décrire les principes généraux du typage des bactéries 2. Donner des exemples d'applications du séquençage du génome entier pour la surveillance des pathogènes bactériens et de la résistance aux antimicrobiens 3. Appliquer les outils génomiques pour le sous-typage et la surveillance 4. Définissez le concept de séquençage de nouvelle génération et décrivez les données de séquençage du NGS 5. Décrire comment faire un assemblage de novo à partir de données brutes pour obtenir des contigs 6. Énumérer les méthodes qui sous-tendent les outils d'identification des espèces, de typage MLST et de détection des gènes de résistance 7. Appliquer les outils d'identification des espèces, de typage MLST et de détection des gènes de résistance dans des cas réels d'autres génomes bactériens et pathogènes. 8. Décrire les méthodes qui sous-tendent les outils de typage de Salmonella et d'E.coli, la détection des réplicons plasmidiques et le typage des plasmides 9. Utiliser les outils de typage de Salmonella et E.coli, de détection des réplicons plasmidiques et de typage des plasmides dans des cas réels d'autres génomes bactériens et pathogènes. 10. Expliquer le concept et être capable d'utiliser le pipeline d'analyse bactérienne intégré pour l'analyse par lots et le typage des données génomiques 11. Démontrer comment construire un arbre phylogénétique basé sur les SNP 12. Appliquer l'outil phylogénétique pour construire des arbres phylogénétiques et expliquer la parenté des souches bactériennes ou pathogènes 13. Décrivez comment créer votre propre base de données de séquences 14. Utiliser l'outil MyDbFinder pour détecter des marqueurs génétiques d'intérêt à partir du séquençage du génome entier