Obtenez un aperçu d'un sujet et apprenez les principes fondamentaux.
4.5
17 avis
niveau Intermédiaire
Expérience recommandée
Expérience recommandée
Niveau intermédiaire
Maîtrise intermédiaire de R. Une expérience de la programmation statistique et de l'application des normes CDISC dans l'industrie pharmaceutique serait utile.
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Expérience recommandée
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Niveau intermédiaire
Maîtrise intermédiaire de R. Une expérience de la programmation statistique et de l'application des normes CDISC dans l'industrie pharmaceutique serait utile.
L'objectif de ce cours est de présenter aux apprenants des packages R open-source qui peuvent être utilisés pour effectuer des tâches de reporting de données cliniques. L'accent principal du cours sera mis sur le flux de données cliniques, des données brutes (CRF et non-CRF) au SDTM, à l'ADaM et aux résultats finaux. Plusieurs outils open source permettant de réaliser ces tâches seront présentés, mais l'objectif de ce cours n'est pas de devenir un expert dans l'un ou l'autre de ces outils, mais plutôt d'initier les participants aux concepts plus larges qui sous-tendent ces tâches. De cette façon, les outils servent simplement d'exemple de la façon dont les concepts sous-jacents peuvent être mis en action dans le Code.
Dans ce module, nous présenterons ce cours et donnerons un bref aperçu de ce que vous apprendrez. Nous fournirons un contexte sur les rapports cliniques dans R et la motivation pour le récent changement dans les tendances de l'industrie pour le soutien des outils open-source. Nous décrirons les défis des pratiques actuelles de programmation statistique et les avantages de l'application d'outils Open Source, et nous fournirons des ressources supplémentaires pour en savoir plus.
Inclus
1 vidéo1 lecture1 sujet de discussion
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1 vidéo•Total 2 minutes
Bienvenue sur le site Hands On Clinical Reporting Using R !•2 minutes
1 lecture•Total 30 minutes
Lecture préalable : Pourquoi des outils Open Source ?•30 minutes
1 sujet de discussion•Total 10 minutes
Présentations et contexte•10 minutes
Principes de base
Module 2•2 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous aborderons plusieurs sujets importants liés aux essais cliniques de phase 3 et aux données cliniques. Nous commencerons par une brève introduction aux essais de phase 3 et discuterons du type de données collectées au cours de ces essais. Ensuite, nous donnerons un aperçu de deux modèles de données couramment utilisés pour traiter les données des essais cliniques, à savoir SDTM et ADaM. Ensuite, nous nous pencherons sur le processus de préparation d'un dossier de soumission de données aux autorités sanitaires, en nous concentrant plus particulièrement sur la Food and Drug Administration (FDA) aux États-Unis. Nous étudierons les exigences et les lignes directrices relatives à la soumission de données d'essais cliniques à la FDA. Enfin, nous conclurons ce module en résumant notre compréhension du flux de données cliniques, en soulignant les points clés que nous avons abordés tout au long du cours.
Inclus
6 vidéos1 lecture1 devoir
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6 vidéos•Total 23 minutes
Introduction Principes fondamentaux•1 minute
Essais cliniques de phase 3 - Protocole et SAP•6 minutes
Données en cours d'utilisation d'autres moyens•6 minutes
Normes CDISC SDTM et ADaM•3 minutes
Dossier de soumission à la FDA (États-Unis)•5 minutes
Flux de données cliniques : des données brutes aux résultats finaux•2 minutes
1 lecture•Total 60 minutes
Lever le voile sur les données : lectures complémentaires sur la collecte des données, les normes et les autorités sanitaires•60 minutes
1 devoir•Total 30 minutes
Déchiffrer les essais cliniques : Un quiz complet sur SAP, Estimands et les normes de données•30 minutes
SDTM : Modèle de modélisation des données de l'étude
Module 3•1 heure à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous présenterons une introduction au modèle de modélisation des données de l'étude (ou SDTM) en donnant le contexte et en soulignant l'importance de ces modèles de données pour les essais cliniques. Nous explorerons les différents Mapping (R) de données SDTM pour les données CRF et non-CRF. Enfin, nous donnerons un aperçu de la programmation des SDTM sur R.
Inclus
4 vidéos1 devoir
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4 vidéos•Total 29 minutes
Introduction SDTM•1 minute
Contexte et flux de travail•10 minutes
Mapping (R) des données SDTM•13 minutes
Programmation du SDTM•5 minutes
1 devoir•Total 20 minutes
Maîtriser SDTM : un quiz sur les normes et la mise en œuvre des données d'étude•20 minutes
Transformations ADaM (Introduction)
Module 4•5 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous explorons ce que sont les ensembles de données de modèles de données d'analyse (ADaM), les 3 structures d'ADaM, et comment créer des ADaM dans R en cours d'utilisation (Package (R)).
Inclus
16 vidéos4 lectures4 devoirs
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16 vidéos•Total 62 minutes
Introduction•1 minute
Qu'est-ce que l'ADaM ?•2 minutes
Structure des ensembles de données d'analyse au niveau du sujet (ADSL)•2 minutes
Structure des données structurées (OCCDS)•3 minutes
Structure des données structurées (BDS)•4 minutes
La vision•2 minutes
amiral et pharmaverse pour ADaM Development•3 minutes
Stockage et utilisation des métadonnées ADaM•2 minutes
Partie 1 - Objet Metacore•8 minutes
Partie 2 - Objet Metacore•5 minutes
Partie 3 - Objet Metacore•4 minutes
Contrôler et exporter ADaM•3 minutes
Partie 1 - Démonstration de l'ADSL•11 minutes
Partie 2 - Démonstration de l'ADSL•8 minutes
Partie 3 - Démonstration de l'ADSL•3 minutes
Examen du module•1 minute
4 lectures•Total 90 minutes
Ressources supplémentaires pour comprendre les normes ADaM dans l'industrie•60 minutes
Liens vers les dépôts GitHub et les sites de Pharmaverse•10 minutes
Liens sur la documentation ADaM et les dépôts GitHub pour le code utilisé dans les démonstrations•10 minutes
Ressources Quiz•10 minutes
4 devoirs•Total 120 minutes
Quiz du module - Transformations ADaM (introduction) à l'aide des packages R de Pharmaverse•60 minutes
Première leçon - Testez vos connaissances•20 minutes
Deuxième leçon - Testez vos connaissances•20 minutes
Troisième leçon - Testez vos connaissances•20 minutes
Transformations ADaM (avancées)
Module 5•7 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous explorons ADaM et R à l'aide des packages Pharmaverse, une étape plus loin. Nous nous concentrerons sur la Structure des Données d'Occurrence ADaM connue sous le nom d'OCCDS en utilisant l'exemple de l'ensemble de données d'analyse des événements indésirables (ADAE). Nous verrons ce qu'est un OCCDS, les événements indésirables, et comment créer un ADAE en utilisant {admiral} et d'autres packages R Pharmaverse. Comme vous allez suivre cette formation avec une approche pratique, lorsque vous travaillez dans R, veuillez d'abord suivre les instructions d'installation ici pour vous assurer que vous utilisez la même version de R et les mêmes packages R nécessaires à la fois pour la formation et pour le quiz à la fin. Vous pouvez effectuer les étapes 1 à 6 maintenant : https://www.coursera.org/learn/hands-on-clinical-reporting-using-r/supplement/enxGp/adae-quiz-resources (copier et coller si nécessaire), puis suivre la formation. Une fois que vous aurez atteint le quiz, vous pourrez commencer à partir de l'étape 7.
Inclus
36 vidéos2 lectures8 devoirs
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36 vidéos•Total 180 minutes
Introduction à l'OCCDS et à l'ADAE•1 minute
Aperçu de la formation ADAE•5 minutes
À quoi s'attendre lors de la session 1•2 minutes
Historique des événements indésirables•2 minutes
Package (R), outils et ressources pour cette formation.•1 minute
Commencer à programmer ADAE dans R•1 minute
Lisons les données sources•4 minutes
Conversion des blancs en valeurs en NA•4 minutes
Fusionner les variables ADSL•5 minutes
Début de l'événement indésirable dérivé datetime•5 minutes
Dérivation de la fin de l'événement indésirable datetime•5 minutes
Nombre de jours relatif d'un AES à partir de la première exposition au médicament à l'étude•3 minutes
Durées de l'AES•4 minutes
À quoi s'attendre lors de la session 4•1 minute
Dernière dose datetime•6 minutes
Comment vérifier la dérivation de la date de la dernière dose ?•7 minutes
Gravité et causalité•3 minutes
Quel sera le contenu de cette session ?•3 minutes
Repérer les AES apparus au cours du traitement•8 minutes
Traitement-Fenêtre de drapeau émergente•6 minutes
Signalement d'une occurrence d'AES•12 minutes
Que sont les requêtes standard MedDRA (SMQ) et les requêtes personnalisées (CQ) ?•6 minutes
Dérivation des requêtes MedDRA standard (SMQ) et des requêtes personnalisées (CQ)•17 minutes
À quoi s'attendre lors de la session 6•3 minutes
Ajout de variables ADSL•8 minutes
Dérivation de la séquence d'analyse•8 minutes
Lire les spécifications de l'ADaM•7 minutes
Vérifier les variables entre votre ensemble de données et les spécifications•14 minutes
Suppression des variables inutiles de votre ensemble de données•4 minutes
Ordonner les variables de votre ensemble de données•3 minutes
Trier votre jeu de données par la clé de tri selon vos spécifications•4 minutes
Attributs de longueur variable•5 minutes
Variable Attributs de l'étiquette•3 minutes
Contrôles terminologiques contrôlés•6 minutes
Contrôle final et conversion XPT•6 minutes
Examen du module•2 minutes
2 lectures•Total 20 minutes
Instructions pour installer l'environnement R pour les démonstrations de formation à venir.•10 minutes
Ressources pour les quiz ADAE•10 minutes
8 devoirs•Total 220 minutes
Quiz - Transformations ADaM (avancées) à l'aide des packages R de Pharmaverse•120 minutes
Leçon 1 : Testez vos connaissances•15 minutes
Leçon 2 : Testez vos connaissances•15 minutes
Leçon 3 : Testez vos connaissances•15 minutes
Leçon 4 : Testez vos connaissances•15 minutes
Leçon 5 : Testez vos connaissances•15 minutes
Leçon 6a : Testez vos connaissances•10 minutes
Leçon 6b : Testez vos connaissances•15 minutes
TLG statiques (NEST)
Module 6•4 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous présentons les concepts de génération de résultats utilisés à des fins réglementaires, et les paquets NEST en particulier. Nous montrons comment vous pouvez utiliser NEST efficacement pour créer et personnaliser vos tableaux, listes et graphiques (TLG) pendant les rapports cliniques et nous présentons le TLG-Catalog pour faciliter la génération de sorties à l'aide de nos paquets. Nous expliquerons les avantages de l'Open Source et les efforts de collaboration de l'industrie en matière de rapports cliniques.
Inclus
36 vidéos2 devoirs
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36 vidéos
Création de TLG statiques pour les rapports cliniques avec R•0 minutes
Leçon 1 : Introduction et concepts•0 minutes
Concepts de base des TLG•0 minutes
Comment décider quels sont les TLG nécessaires ?•0 minutes
Les étapes du développement du TLG•0 minutes
Introduction à NEST•0 minutes
Paquets clés pour le développement du TLG•0 minutes
Leçon 1 - Vue d'ensemble•0 minutes
Introduction à la leçon 2•0 minutes
Introduction au paquet Sterne•0 minutes
Fonctions d'analyse des sternes•0 minutes
Qu'est-ce que rtables ?•0 minutes
Concept de tables•0 minutes
Introduction aux démonstrations•0 minutes
Tableau démographique•0 minutes
Présentation du tableau démographique•0 minutes
Conclusion du tableau démographique•0 minutes
Introduction du tableau des événements indésirables•0 minutes
Aperçu de l'événement indésirable•0 minutes
Conclusion du tableau des événements indésirables•0 minutes
Introduction du tableau de réponse•0 minutes
Tableau de réponse - Prétraitement des données•0 minutes
Aperçu du tableau de réponse, partie 1•0 minutes
Aperçu du tableau de réponse, partie 2•0 minutes
Tableau des réponses, partie 3•0 minutes
Aperçu du tableau de réponse, partie 4•0 minutes
Conclusion du tableau de réponse•0 minutes
Conclusion de la leçon 2•0 minutes
Introduction au catalogue du TLG•0 minutes
Anatomie du catalogue du TLG•0 minutes
Retour d'information sur le catalogue TLG•0 minutes
TLG Catalog Demo Part 1•0 minutes
TLG Catalog Demo Part 2•0 minutes
Résumé de la leçon 3•0 minutes
En savoir plus sur les paquets NEST•0 minutes
Efforts de collaboration avec l'industrie•0 minutes
2 devoirs•Total 210 minutes
Quiz - Création de TLG statiques à l'aide de paquets NEST•30 minutes
Quiz de la leçon 2 - Création de TLG statiques avec NEST•180 minutes
Affichages interactifs de données
Module 7•2 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous discuterons des avantages de l'utilisation de données en cours d'utilisation pour les rapports cliniques. Nous présenterons la famille de packages R teal et nous nous familiariserons avec les principales fonctionnalités offertes par ce cadre. Enfin, nous apprendrons à développer une application interactive au niveau de la production en utilisant les modules teal pour l'examen des données, les analyses de sécurité et d'efficacité.
Inclus
26 vidéos1 lecture4 devoirs
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26 vidéos•Total 80 minutes
Motivation pour l'affichage interactif des données•4 minutes
Introduction•1 minute
Qu'est-ce que la sarcelle ?•3 minutes
Démonstration de sarcelle•8 minutes
Caractéristiques principales de la sarcelle•2 minutes
Comment fonctionne la sarcelle ?•1 minute
Modules de démonstration utilisant teal.gallery•1 minute
Utiliser cours d'authentification en tant que data scientist•1 minute
Introduction•0 minutes
Guide d'installation de Sarcelles•1 minute
Processus de développement d'applications•1 minute
Configuration du projet d'application•4 minutes
Première application sarcelle•4 minutes
Filtres en sarcelle•2 minutes
Filtres avancés•4 minutes
Introduction•1 minute
Flux de travail pour le développement de l'application Teal•1 minute
Modules d'examen des données•7 minutes
Chargement des données•1 minute
Reproductibilité du code•5 minutes
Traitement des données d'entrée•4 minutes
Ajout d'un module de tableau démographique•4 minutes
Ajout d'un module de tableau des événements indésirables•6 minutes
Ajout d'un module de tracé KM•7 minutes
Créer l'application complète•4 minutes
Examen du module•4 minutes
1 lecture•Total 5 minutes
Carte des produits de l'univers sarcelle•5 minutes
4 devoirs•Total 60 minutes
Quiz d'évaluation du module•30 minutes
Quiz sur le cadre sarcelle•10 minutes
Quiz sur les concepts de base de Sarcelles•10 minutes
Quiz sur les concepts avancés de Sarcelles•10 minutes
Conclusion
Module 8•3 minutes à terminer
Détails du module
Dans ce dernier module, nous passerons brièvement en revue le cours et suggérerons les prochaines étapes de votre parcours d'apprentissage.
Inclus
1 vidéo
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Considéré comme le fondateur de l'industrie, Genentech, aujourd'hui membre du groupe Roche, tient les promesses de la biotechnologie depuis plus de 40 ans.
Pour quelles raisons les étudiants sur Coursera nous choisissent-ils pour leur carrière ?
Felipe M.
Étudiant(e) depuis 2018
’Pouvoir suivre des cours à mon rythme à été une expérience extraordinaire. Je peux apprendre chaque fois que mon emploi du temps me le permet et en fonction de mon humeur.’
Jennifer J.
Étudiant(e) depuis 2020
’J'ai directement appliqué les concepts et les compétences que j'ai appris de mes cours à un nouveau projet passionnant au travail.’
Larry W.
Étudiant(e) depuis 2021
’Lorsque j'ai besoin de cours sur des sujets que mon université ne propose pas, Coursera est l'un des meilleurs endroits où se rendre.’
Chaitanya A.
’Apprendre, ce n'est pas seulement s'améliorer dans son travail : c'est bien plus que cela. Coursera me permet d'apprendre sans limites.’
Pour accéder aux supports de cours, aux devoirs et pour obtenir un certificat, vous devez acheter l'expérience de certificat lorsque vous vous inscrivez à un cours. Vous pouvez essayer un essai gratuit ou demander une aide financière. Le cours peut proposer l'option "Cours complet, pas de certificat". Cette option vous permet de consulter tous les supports de cours, de soumettre les évaluations requises et d'obtenir une note finale. Cela signifie également que vous ne pourrez pas acheter un certificat d'expérience.
Que recevrai-je si j'achète le certificat ?
Lorsque vous achetez un certificat, vous avez accès à tous les supports de cours, y compris les devoirs notés. Une fois le cours terminé, votre certificat électronique sera ajouté à votre page de réalisations. Vous pourrez alors l'imprimer ou l'ajouter à votre profil LinkedIn.
Une aide financière est-elle disponible ?
Oui, pour certains programmes de formation, vous pouvez demander une aide financière ou une bourse si vous n'avez pas les moyens de payer les frais d'inscription. Si une aide financière ou une bourse est disponible pour votre programme de formation, vous trouverez un lien pour postuler sur la page de description.