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Il y a 4 modules dans ce cours
Neurohacking décrit comment utiliser le langage de programmation R (https://cran.r-project.org/) et ses logiciels associés pour manipuler, traiter et analyser des données de neuro-imagerie. Nous nous concentrons sur l'imagerie par résonance magnétique (IRM) structurelle accessible au public. A la fin de ce cours, vous serez capable de : Lire/écrire des images du cerveau au format NIfTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) Visualiser et explorer ces images Effectuer la correction de l'inhomogénéité, l'extraction du cerveau, et l'enregistrement d'images (au sein d'un sujet et vers un modèle).
Inclus
3 vidéos1 lecture1 devoir
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3 vidéos•Total 30 minutes
Rencontrez l'équipe•7 minutes
Introduction•12 minutes
IRM structurelle et R•12 minutes
1 lecture•Total 10 minutes
Syllabus•10 minutes
1 devoir•Total 30 minutes
Quiz sur le thème 1•30 minutes
Neuroimagerie : Formats et visualisation
Module 2•4 heures à terminer
Détails du module
Dans cette section, nous aborderons les différents formats d'images cérébrales, ainsi que certains des examens d'imagerie par résonance magnétique (IRM) les plus courants.
Inclus
7 vidéos6 devoirs
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7 vidéos•Total 74 minutes
Structures de données et opérations•12 minutes
Le format NIfTI•10 minutes
Visualisation de base 1•9 minutes
Visualisation de base 2•10 minutes
Manipulation de données de base•10 minutes
Transformations et lissage•15 minutes
Contraste de base de l'IRM•9 minutes
6 devoirs•Total 180 minutes
Thème 2 Lecture 1 Quiz•30 minutes
Thème 2 Lecture 2 Quiz•30 minutes
Thème 2 Lecture 3 Quiz•30 minutes
Thème 2 Lecture 4 Quiz•30 minutes
Thème 2 Lecture 5 Quiz•30 minutes
Thème 2 Lecture 6 Quiz•30 minutes
Traitement des images
Module 3•6 heures à terminer
Détails du module
Dans cette section, nous examinerons les étapes du traitement des données d'IRM cérébrale. Nous aborderons la correction de l'inhomogénéité, l'extraction du cerveau ou le décapage du crâne, ainsi que diverses techniques de recalage d'images.
Inclus
9 vidéos9 devoirs
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9 vidéos•Total 71 minutes
Prétraitement : Une vue d'ensemble•14 minutes
Inscription•15 minutes
fslr : Configuration requise•9 minutes
Correction du champ de biais à l'aide du fslr•4 minutes
Extraction du cerveau à l'aide du fslr•6 minutes
Enregistrement d'images à l'aide d'un fslr•6 minutes
Installation de l'ANTsR•5 minutes
Manipulation de données de base avec ANTsR•5 minutes
Prétraitement avec l'ANTSR•8 minutes
9 devoirs•Total 270 minutes
Thème 3 Quiz 1•30 minutes
Thème 3 Quiz 2•30 minutes
Thème 3 Quiz 3•30 minutes
Thème 3 Quiz 4•30 minutes
Thème 3 Quiz 5•30 minutes
Thème 3 Quiz 6•30 minutes
Thème 3 Quiz 7•30 minutes
Thème 3 Quiz 8•30 minutes
Thème 3 Quiz 9•30 minutes
Traitement étendu des images
Module 4•7 heures à terminer
Détails du module
Dans cette section, nous aborderons les différents types d'enregistrement et la manière de traiter une IRM multiséquence, ainsi que les fonctions d'encapsulation qui facilitent grandement le processus. Nous abordons également l'exploration interactive des données d'images cérébrales et la segmentation au niveau des tissus (matière blanche/grise et liquide céphalo-rachidien (LCR)) à partir d'une image pondérée en T1.
Inclus
11 vidéos1 lecture10 devoirs
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11 vidéos•Total 101 minutes
Traitement avancé des images du cerveau•5 minutes
Co-enregistrement à l'aide de fslr•9 minutes
Co-enregistrement à l'aide d'ANTsR•10 minutes
Fonctions d'enrobage pour les pipelines de traitement•8 minutes
Co-enregistrement d'images T1 d'une visite à l'autre•6 minutes
Enregistrement rigide sur un modèle•8 minutes
Enregistrement affine de T1 sur le modèle•4 minutes
Enregistrement non linéaire de T1 sur le modèle•7 minutes
Obtenir des informations anatomiques sur le retour sur investissement à partir d'un enregistrement non linéaire•13 minutes
Segmentation au niveau des tissus•7 minutes
Papayar : Visualisation interactive d'images en R•23 minutes
1 lecture•Total 10 minutes
Papayar Script•10 minutes
10 devoirs•Total 300 minutes
Thème 4 Quiz 1•30 minutes
Thème 4 Quiz 2•30 minutes
Thème 4 Quiz 3•30 minutes
Thème 4 Quiz 4•30 minutes
Thème 4 Quiz 5•30 minutes
Thème 4 Quiz 6•30 minutes
Thème 4 Quiz 7•30 minutes
Thème 4 Quiz 8•30 minutes
Thème 4 Quiz 9•30 minutes
Thème 4 Quiz 10•30 minutes
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Évaluations de l’enseignant
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Chaitanya A.
’Apprendre, ce n'est pas seulement s'améliorer dans son travail : c'est bien plus que cela. Coursera me permet d'apprendre sans limites.’
Avis des étudiants
4.6
315 avis
5 stars
71,11 %
4 stars
22,22 %
3 stars
4,12 %
2 stars
1,26 %
1 star
1,26 %
Affichage de 3 sur 315
C
CV
5·
Révisé le 16 mai 2017
Great course....medical imaging techniques at its best :)
M
MT
4·
Révisé le 4 avr. 2018
Great concise walk-through of neuro-imaging techniques. Low quality audio and a lot of background noise though.
S
SG
4·
Révisé le 28 août 2020
The process of downloading packages on the virtual machine was very tiring. The documentation of it could have been provided more nicely. Like I was not aware about the 'sudo...'on LINUX.
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