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Il y a 4 modules dans ce cours
Apprenez à utiliser les outils du projet Bioconductor pour effectuer des analyses de données génomiques. Il s'agit du cinquième cours de la spécialisation Big Data génomique de l'Université Johns Hopkins.
Le cours portera sur l'installation et l'utilisation du logiciel Bioconductor. Nous discuterons des structures de données communes, y compris les ExpressionSets, SummarizedExperiment et GRanges utilisées dans plusieurs types d'analyses.
Inclus
16 vidéos3 lectures1 devoir
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16 vidéos•Total 126 minutes
Installation de R sous Windows•3 minutes
Installer R sur un Mac•2 minutes
Installation de R Studio sur un Mac•2 minutes
Qu'est-ce que Bioconductor ?•7 minutes
Installation de Bioconductor•4 minutes
Le site web de Bioconductor•10 minutes
Ressources utiles en ligne•5 minutes
R Types de base•18 minutes
GRanges - Vue d'ensemble•5 minutes
Gammes IR - Utilisation de base•12 minutes
Plages génomiques - Plages génomiques•9 minutes
GenomicRanges - Utilisation de base de GRanges•8 minutes
Gammes génomiques - seqinfo•6 minutes
AnnotationHub•8 minutes
Cas d'utilisation : AnnotationHub et GRanges, partie 1•13 minutes
Cas d'utilisation : AnnotationHub et GRanges, partie 2•14 minutes
3 lectures•Total 30 minutes
Bienvenue•10 minutes
Syllabus•10 minutes
Enquête préalable à la formation•10 minutes
1 devoir•Total 30 minutes
Quiz 1•30 minutes
Deuxième semaine
Module 2•2 heures à terminer
Détails du module
Au cours de cette semaine, nous apprendrons à représenter et à calculer des séquences biologiques, tant au niveau du génome entier qu'au niveau de millions de lectures courtes.
Inclus
8 vidéos1 devoir
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8 vidéos•Total 81 minutes
Biostrings•7 minutes
BSgenome•7 minutes
Biostrings - Correspondance•6 minutes
BSgenome - Vues•9 minutes
Gammes génomiques - Rle•12 minutes
GenomicRanges - Listes•6 minutes
Caractéristiques génomiques•19 minutes
rtracklayer - Importation de données•15 minutes
1 devoir•Total 30 minutes
Quiz 2•30 minutes
Troisième semaine
Module 3•2 heures à terminer
Détails du module
Cette semaine, nous aborderons les types de données de base, ExpressionSet, biomaRt et R S4.
Inclus
9 vidéos1 devoir
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9 vidéos•Total 79 minutes
Types de données de base•5 minutes
Aperçu des annotations•5 minutes
Aperçu d'ExpressionSet•4 minutes
ExpressionSet•10 minutes
Résumé de l'expérience•8 minutes
GEOquery•7 minutes
biomaRt•14 minutes
R S4 Classes•17 minutes
R S4 Méthodes•10 minutes
1 devoir•Total 30 minutes
Quiz 3•30 minutes
Quatrième semaine
Module 4•2 heures à terminer
Détails du module
Cette semaine, nous aborderons l'obtention de données dans Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma et minfi
Inclus
7 vidéos1 lecture1 devoir
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7 vidéos•Total 81 minutes
Introduire des données dans Bioconductor•7 minutes
Brève lecture•4 minutes
Rsamtools•13 minutes
oligo•14 minutes
limma•17 minutes
minfi•11 minutes
Analyse de l'ARN-seq par comptage•16 minutes
1 lecture•Total 10 minutes
Enquête post-cours•10 minutes
1 devoir•Total 30 minutes
Quiz 4•30 minutes
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Instructeur
Évaluations de l’enseignant
Évaluations de l’enseignant
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La mission de l'université Johns Hopkins est d'éduquer ses étudiants et de cultiver leur capacité à apprendre tout au long de leur vie, d'encourager la recherche indépendante et originale et de faire profiter le monde des avantages de la découverte.
Pour quelles raisons les étudiants sur Coursera nous choisissent-ils pour leur carrière ?
Felipe M.
Étudiant(e) depuis 2018
’Pouvoir suivre des cours à mon rythme à été une expérience extraordinaire. Je peux apprendre chaque fois que mon emploi du temps me le permet et en fonction de mon humeur.’
Jennifer J.
Étudiant(e) depuis 2020
’J'ai directement appliqué les concepts et les compétences que j'ai appris de mes cours à un nouveau projet passionnant au travail.’
Larry W.
Étudiant(e) depuis 2021
’Lorsque j'ai besoin de cours sur des sujets que mon université ne propose pas, Coursera est l'un des meilleurs endroits où se rendre.’
Chaitanya A.
’Apprendre, ce n'est pas seulement s'améliorer dans son travail : c'est bien plus que cela. Coursera me permet d'apprendre sans limites.’
Avis des étudiants
3.8
386 avis
5 stars
42,22 %
4 stars
24,61 %
3 stars
15,54 %
2 stars
9,32 %
1 star
8,29 %
Affichage de 3 sur 386
J
JK
4·
Révisé le 30 août 2016
I think it is a good class overall but the pace is fast and the resources that can help you is lacking. This will be good for someone who already kind of understands bioconductor.
S
SS
4·
Révisé le 3 sept. 2016
A nice course to introduce Bioconductor to students
Q
QZ
4·
Révisé le 20 mai 2018
It's very helpful in learning genomic data science. I think it's a little difficult in the beginning. The instructor have some accent, which made me even harder to get into it.
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Oui, pour certains programmes de formation, vous pouvez demander une aide financière ou une bourse si vous n'avez pas les moyens de payer les frais d'inscription. Si une aide financière ou une bourse est disponible pour votre programme de formation, vous trouverez un lien pour postuler sur la page de description.