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Il y a 4 modules dans ce cours
Ce cours présente les commandes dont vous avez besoin pour gérer et analyser les répertoires, les fichiers et les grands ensembles de données génomiques. Il s'agit du quatrième cours de la spécialisation en science des big data génomiques de l'Université Johns Hopkins.
Dans ce module, vous serez initié aux outils de ligne de commande pour la science des données génomiques
Inclus
12 vidéos7 lectures2 devoirs
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12 vidéos•Total 105 minutes
Commandes Unix de base 1 : Représentation du contenu•3 minutes
Commandes de base d'Unix 2 : Fichiers, répertoires, chemins d'accès•7 minutes
Commandes de base d'Unix 3 : Noms de fichiers•4 minutes
Commandes Unix de base 4 : Création de contenu•9 minutes
Commandes Unix de base 5 : Accéder au contenu I•6 minutes
Commandes Unix de base 6 : Accéder au contenu II•5 minutes
Commandes Unix de base 7 : Redirection de contenu•6 minutes
Commandes Unix de base 8 : Interroger le contenu•16 minutes
Commandes Unix de base 9 : Comparaison de contenu•11 minutes
Commandes Unix de base 10 : Archivage de contenu•14 minutes
Commandes Unix de base 11 : Exercices pratiques I•13 minutes
Commandes de base d'Unix 12 : Exercices pratiques II•9 minutes
7 lectures•Total 70 minutes
IMPORTANT : Configurer la machine virtuelle pour ce cours•10 minutes
Message de bienvenue•10 minutes
Syllabus•10 minutes
Téléchargement et instructions pour VMBox (ou Docker)•10 minutes
Téléchargement de l'image Docker et instructions•10 minutes
Enquête préalable au cours•10 minutes
Instructions pour l'examen du module 1 **IMPORTANT**•10 minutes
2 devoirs•Total 60 minutes
Quiz du module 1•30 minutes
Examen du module 1•30 minutes
Deuxième semaine
Module 2•3 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous examinerons les séquences et les caractéristiques génomiques dans une séquence de 10 présentations.
Inclus
11 vidéos1 lecture2 devoirs
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11 vidéos•Total 127 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 1 : Molecular Bio Primer•6 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 2 : Représentation et génération de séquences•11 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 3 : Annotation•14 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 4.1 : Alignement I•14 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 4.2 : Alignement II•9 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 5 : Recréer des séquences et des caractéristiques•13 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 6 : Recherche de caractéristiques génomiques•6 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 7 : SAMtools I•11 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 8 : SAMtools II•10 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 9 : BEDtools I•16 minutes
Séquences et caractéristiques génomiques 10 : BEDtools II•16 minutes
1 lecture•Total 10 minutes
Instructions pour l'examen du module 2 **IMPORTANT**•10 minutes
2 devoirs•Total 60 minutes
Quiz du module 2•30 minutes
Examen du module 2•30 minutes
Troisième semaine
Module 3•2 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous aborderons l'alignement et la variation des séquences dans une autre séquence de 8 présentations.
Inclus
8 vidéos1 lecture2 devoirs
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8 vidéos•Total 55 minutes
Alignement et variation des séquences 1 : Vue d'ensemble•4 minutes
Alignement et variation de séquence 2 : Outils d'alignement et de détection de variants•5 minutes
Alignement et variation des séquences 3 : VCF•12 minutes
Alignement et variation des séquences 4 : Bowtie•9 minutes
Alignement et variation des séquences 5 : BWA•5 minutes
Alignement et variation de séquence 6 : SAMtools (mpileup)•7 minutes
Alignement et variation des séquences 7 : BCFtools•8 minutes
Alignement et variation de séquence 8 : Appel de variants•5 minutes
1 lecture•Total 10 minutes
Instructions pour l'examen du module 3 **IMPORTANT**•10 minutes
2 devoirs•Total 60 minutes
Quiz du module 3•30 minutes
Examen du module 3•30 minutes
Quatrième semaine
Module 4•3 heures à terminer
Détails du module
Dans ce module, nous allons passer en revue les outils de la transcriptomique dans une séquence de 6 présentations.
Inclus
8 vidéos2 lectures2 devoirs
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8 vidéos•Total 75 minutes
Outils pour la transcriptomique 1 : Vue d'ensemble•6 minutes
Outils pour la transcriptomique 2 : RNA-seq•8 minutes
Outils pour la transcriptomique 3.1 : Tophat I•9 minutes
Outils pour la transcriptomique 3.2 : Tophat II•9 minutes
Outils pour la transcriptomique 4 : Boutons de manchette•10 minutes
Outils pour la transcriptomique 5 : Cuffdiff•17 minutes
Outils pour la transcriptomique 6.1 : Visualiseur intégré de génomique I•8 minutes
Outils pour la transcriptomique 6.2 : Integrated Genomics Viewer II•7 minutes
2 lectures•Total 20 minutes
Instructions pour l'examen du module 4 **IMPORTANT**•10 minutes
Enquête post-cours•10 minutes
2 devoirs•Total 60 minutes
Quiz du module 4•30 minutes
Examen du module 4•30 minutes
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Instructeur
Évaluations de l’enseignant
Évaluations de l’enseignant
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Pour quelles raisons les étudiants sur Coursera nous choisissent-ils pour leur carrière ?
Felipe M.
Étudiant(e) depuis 2018
’Pouvoir suivre des cours à mon rythme à été une expérience extraordinaire. Je peux apprendre chaque fois que mon emploi du temps me le permet et en fonction de mon humeur.’
Jennifer J.
Étudiant(e) depuis 2020
’J'ai directement appliqué les concepts et les compétences que j'ai appris de mes cours à un nouveau projet passionnant au travail.’
Larry W.
Étudiant(e) depuis 2021
’Lorsque j'ai besoin de cours sur des sujets que mon université ne propose pas, Coursera est l'un des meilleurs endroits où se rendre.’
Chaitanya A.
’Apprendre, ce n'est pas seulement s'améliorer dans son travail : c'est bien plus que cela. Coursera me permet d'apprendre sans limites.’
Avis des étudiants
4.0
571 avis
5 stars
50,43 %
4 stars
21,36 %
3 stars
13,83 %
2 stars
5,60 %
1 star
8,75 %
Affichage de 3 sur 571
P
PS
5·
Révisé le 26 juin 2020
A very well planned course for beginners who don't have any experience with command line language for exploring genomic data
G
GC
5·
Révisé le 8 avr. 2018
A really hard introduction to bioinformatics pipelines, it was difficult but was stimulant!
L
LS
4·
Révisé le 23 avr. 2020
Some explanations are4 not completely clear. A good summary of what every tools does and of which rools should be used to tackle which situation would really beneficial
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Une aide financière est-elle disponible ?
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